Lors de l'exploration de BP6-3Q1, O'Neill et l'équipe de la SG-1 sont attaqués par des insectes géants. Ils s'échappent à travers la Porte des Etoiles, mais Teal'c, piqué par une de ces créatures, commence à se métamorphoser.

Ryac, le fils de Teal'c, est enlevé par Apophis. L'équipe du SG-1 se donne pour mission de le récupérer et de le ramener auprès de sa famille, sur Terre.

SG-1 rapporte un objet d'une planète inconnue. Ils découvrent bien vite que cet objet est radioactif et au moment de le renvoyer sur sa planète, de grandes pointes en sortent pour se ficher dans le mur.

Parce qu'ils se sentent responsables de l'invasion de la planète Cimmeria par les Goa'uld, les membres de SG-1 décident de retourner dans ce monde pour sauver la population.

Toute l'équipe SG-1 est capturée par les habitants de P3R-636. Alors que O'Neill et les autres sont condamnés à travailler à la mine, Daniel a le droit à un traitement de faveur de la part de la princesse Shyla.

Alors qu'ils visitent une planète, O'Neil, Teal'c, Carter et Daniel se retrouvent prisonniers d'une étrange machine qui leur fait revivre des moments douloureux de leur vie.

Alors qu'ils explorent un nouveau monde, les membres du SG-1 portent secours à un homme qui se dit poursuivi. L’équipe est immédiatement arrêtée et jugée par un tribunal qui la condamne à la détention à la perpétuité.

Au cours d'une évacuation mouvementée, Carter est parasitée par un Goa'uld. Son comportement bizarre éveille très vite les soupçons du colonel O'Neil.

La situation est de plus en plus critique pour l'équipe de SG-1. Coincés à bord du vaisseau de Klorel, ils ont programmé sa destruction. Vont-ils réussir à s'échapper ?

Une menace pèse sur l'espèce humaine et O'Neil et ses amis décident d'enquêter. Ils passent à travers la Porte des étoiles, menacée de fermeture, et découvrent avec frayeur que les Goa'ulls sont sur le point de lancer leurs chasseurs de la mort sur la Terre !

Le gouvernement américain envoie un sénateur, chargé du budget, comme émissaire à la base des S.G dirigée par le général Hammond. Il les prévient que désormais ils ne bénéficieront plus de subventions d'Etat.

Les recherches de l'équipe Stargate SG-1 la conduisent sur la planète P3R233. Sur place, l'équipe découvre une base sans vie et avec un haut taux de radiation.

Jack O'Neil et son équipe se retrouvent dans un univers souterrain et sophistiqué, habité par un seul homme. Ce dernier se sert de la technologie laissée à sa disposition, pour fabriquer, à leur insu, des robots identiques à nos héros.

Au retour d'une mission, le capitaine O'Neil et le docteur Samantha Carter sont portés disparus. Lors de leur passage par la Porte des étoiles, le SG-1 s'est détérioré.

Devant la Porte des Etoiles, le colonel O'Neil et son équipe portent secours à une dizaine de Tolans. Ces rescapés d'une éruption volcanique, représentés par leur porte-parole Omoc, demandent à rentrer sur la planète Tolan au plus vite.